Pepsin có thể bị ức chế bởi độ pH cao (xem "hoạt động" và "ổn định" ở trên) hoặc bởi các hợp chất ức chế. Pepstatin là một hợp chất có phân tử lượng thấp và chất ức chế mạnh cụ thể cho các protease acid với một Ki khoảng 10−10M cho pepsin. Dư lượng statyl của pepstatin được cho là chịu trách nhiệm cho sự ức chế pepstatin của pepsin; statine là một analog tiềm năng của trạng thái chuyển tiếp cho xúc tác bởi pepsin và protease axit khác. Pepstatin không đồng hóa trị ràng buộc pepsin và ức chế pepsin bởi pepstatin là do có thể phá hủy.[30] 1-bis (diazoacetyl) -2-penylethane nghịch bất hoạt pepsin ở pH 5, một phản ứng mà được tăng tốc bởi sự hiện diện của Cu (II).[31]

Pepsin cũng trải qua sự ức chế phản hồi; một sản phẩm của quá trình tiêu hóa protein làm chậm phản ứng bằng cách ức chế pepsin.[32][33]

Sucralfate cũng ức chế hoạt động pepsin.